تواجه الجامعات المصرية، خلال العام الدراسى الجديد 3 ملفات هامة، هذه الملفات تمثل تحديا كبيرا أمام صانعى القرارات بوزارة التعليم العالى والمجلس الأعلى للجامعات وإدارات الجامعات والطلاب وباقى أعضاء هيئة التدريس بها، أول تلك التحديات مسألة التأمين. ويمثل التحدى الثانى، المعركة التى بدأت تظهر فى الأفق بين أعضاء هيئة التدريس بالجامعات ومجلس الوزراء فيما يخص التعديل الجديد لقانون تنظيم الجامعات، الخاص بفصل أعضاء التدريس بقرار من رئيس الجامعة دون مثولهم أمام مجالس التأديب حال اتهامهم بالتحريض على العنف أو المشاركة فى المظاهرات المعطلة للعملية التعليمية واتهامات أخرى حددها مجلس الوزراء عندما أقر التعديل الجديد. وتقف أزمة اللائحة الطلابية الجديدة، عائقا آخر يمثل تهديدا لمسيرة العملية التعليمية بالجامعات خلال العام الدراسى الجديد، حيث بدأت هذه الأزمة عندما انسحب %90 من الطلاب المشاركين بمعسكر إعداد اللائحة بالإسكندرية وأصرت وزارة التعليم العالى على استكمال المعسكر وإقرار المواد التى رفضها الطلاب، حيث أكد مصدر من داخل الوزارة أن اللائحة الجديدة سيتم إعلانها خلال الأيام المقبلة كما تم إقرارها بمعسكر أبو قير بالإسكندرية. وتمثل المشكلات الثلاث السابقة أهم الأزمات التى تواجه الجامعات المصرية خلال العام الدراسى الجديد، إضافة إلى قرارات أخرى من بعض إدارات الجامعات قد تمثل عائقا آخر إذا لم يتقبلها الطلاب، وهو ما ظهر فى التصريحات التى أطلقها ممثلو الاتحادات الطلابية والحركات السياسية بتلك الجامعات وأهمها إلغاء الأسر ذات الظهير السياسى وإجراءات القبول الجديدة التى حددتها جامعة القاهرة للتسكين بالمدن الجامعية على سبيل المثال والتى من أهمها اشتراط «الفيش والتشبيه» وإجراء تحليل للمخدرات قبل التسكين.